虽然消灭了赤眉和青犊变民的势力，平定了南阳董？和邓奉的叛乱，但关中的混乱局势依然令刘秀忧心如焚。
汉中郡变民首领延岑，在去年击败赤眉逄安的十余万大军以后，势力更加地强盛。他的野心也越来越大。他不断地封官任爵，任命他自己的亲信担任州郡官吏，企图独霸关中，形成能够左右大局的割据势力。
但关中的变民势力众多，延岑一时也无法控制他们。他只好与一些地方势力尽量联合，打算谋取更大的利益。
其时，延岑据守蓝田（陕西蓝田县）；王歆据守下邽（渭南县）；芳丹据守新丰（临潼县）；蒋震据守霸陵（西安市东郊）；张邯据守长安（陕西长安县）；公孙守占据长陵（咸阳市东北）；杨周据守谷口（泾阳县西北）；吕鲔据守陈仓（宝鸡市）；角闳据守汧县（陕西陇县南）；骆延据守周至（周至县）；任良据守户县（陕西户县）；汝章据守槐里（陕西兴平县）。
他们每人都自称将军，多的有部队数万人，少的，也有数千人。他们互相攻击，不断地争夺地盘，努力拓展各自的势力范围。
汉征西大将军冯异，面对着数量众多，实力强大的敌人，感到困难重重。
他只好一面作战，分割蚕食敌人，一面不断地向前步步推进。他不断地收买吏民人心，安抚关中百姓，汇集忠于汉室的势力。
最后，冯异大军，终于艰难地抵达了长安宫廷的上林苑（皇宫御花园）。
延岑，张邯，任良等变民势力，他们见冯异汉军的力量如滚雪球般，日渐强大，更加地心生惧意，把冯异当成了最大的敌人。
于是，他们一拍即合，商议相互联合，一同向冯异发动进攻，反击冯异的攻击。
冯异得知他们的阴谋，就及时率领大军，迎头痛击，大破延岑联军，威势更加震撼关中。
这样，各地原来归附延岑的那些营垒，以及那些割据势力等，纷纷转向，归附冯异大军。冯异的气势，越发恢弘。影响所及，渐达关中全境。
延岑等变民势力发现大势已去，凭自己的力量已经根本无法抵抗冯异的西征军大军。
于是，他们急流勇退，只好主动放弃关中。他们从武关（陕西商县境）逃离，南下逃窜至南阳郡境内，希图寻找机会，继续割据。
但其实，冯异虽然平定了关中大部，日子却并不好过。他已经有了强弩之末，势不能穿鲁缟的意味。他出击的力量也大受影响。而那时最大的问题就是，粮食以及给养的补充问题。
那时，关中战事和灾难不断，田地长年荒芜。人民饥饿疲惫，黄金一斤，只能够买到黄豆五升。而关中通往外地的道路，大都被地方割据势力切断，粮食百谷以及日常的生活用品，都根本无法运到，情况很是危急。
就是冯异的大军，也是缺衣少食。他们甚至只能够用树上的果实及野菜充饥，才能暂时维持大军的运转。
得知冯异的窘困情形，刘秀心里非常着急。他非常懂得粮食对于孤军在外作战的西征军大军的决定性意义。
于是，刘秀立即任命南阳人赵匡，担任右扶风尹（西长安市长），率军协助冯异，并负责筹措供应西征军的粮食布匹等。
得到皇上的大力支持，获得足够的后勤补给后，冯异大军才渐渐地重新恢复了出击的力量。
因此，队伍休息调整补充以后，冯异就继续出动自己的大军，扫荡各地势力。对拼命反抗的，坚决予以诛杀；对归顺投诚的，就把他们的首领送到京师，由朝廷安置；解散他们的部众，让他们各自回到自己本来的行业。
这样，冯异的威令，才真正地在关中实施。
除了吕鲔，张邯，蒋震等变民势力派出使节到成都，投降成家皇帝公孙述外，其他的变民势力，都被完全平定。
这时的关中，以及京师长安，才真正回到了刘秀汉室的手里。
得知冯异彻底安定了关中，刘秀心里镇定了许多。
西京长安的收复，无疑更加增大了百姓对洛阳刘秀汉室朝廷的信心，也渐渐地培养起了黎民百姓对汉室朝廷的向心力。
而有冯异亲自坐镇长安，也使刘秀对西部郡县更加地放心。
平定了关中，刘秀没有了西顾之忧，就能够得心应手地腾出手来，集中自己的优势兵力，着力对付东南方向的敌人。
就这样，刘秀立即下令给大司马吴汉，叫他率领骠骑将军杜茂，强弩将军陈俊等七位将军，包围梁王刘永的大将苏茂的基地广乐（河南虞城县西）城池。
得知刘秀的汉军举动，刘永急派另一大将周建，集结十余万人的部队救援苏茂。
大司马吴汉侦知敌军动向，急忙派军拦截，两军在广乐城外交战。
大战开始，吴汉初战失利。他自己也从马上摔下，伤到了膝盖。他只好忍住剧痛，勉强地挣扎着回营。敌军将领周建乘此良机，急急率领救兵进入了广乐城。
听说自己的主帅受伤，吴汉汉军一时军心不宁。
杜茂，陈俊等高级将领，急忙到达吴汉大营后帐，看望并劝说主帅：
“大司马大人，如今大敌当前，我军情况危急。并且，大司马大人又重伤在身。如今军心恐惧，情势更加危急，不知大人如何应对？末将们很是担心！希望大司马大人振作起来，率领我们度过危机。”
躺在病床上的吴汉，闻听诸将的反映，急忙从床上一跃而起。
他自己扯下绷带，将自己的膝盖包住，奋力走进中军帐，发号施令。他立即下令杀牛宰羊，犒赏慰劳将士。
将士们见主将已经奋起，军心也随之安定和振奋。
天，苏茂，周建听说汉军主帅受伤，以为有机可乘。于是，他们用大军包围吴汉汉军。
不想，吴汉大军已经早有准备。吴汉全力反击，出敌不意，大破苏茂，周建联军。
苏茂，周建猝不及防，大败。他们只好放弃自己的基地广乐城池，率领自己的败军，投奔湖陵（山东鱼台县）的汉帝刘永。汉帝刘永的处境更加窘困。
那时，刘永彻夜忧急，不知如何是好。
不想，此时汉帝刘永的情况却因为一件突然的事件，有了一线转机。
汉属睢阳城内，突然发生了一次兵变。从前效忠刘永的那一股潜伏势力，驱逐了刘秀任命的汉室官员，并迎接刘永还都旧京。
闻之睢阳重新反叛，落入叛贼之手，刘秀急令在轵县扫荡青犊残余势力的虎牙大将军盖延回军南下，重新包围睢阳。
其时，大司马吴汉闻听紧急军情，也留下杜茂，陈俊两将，据守广乐。而吴汉自己亲率大军，协助盖延，对睢阳形成合围之势。
平定了南方南阳郡的叛军后，刘秀又开始再次担心起首都的安危来，因为刘秀知道虎牙大将军盖延等大军南下以后，自己的首都洛阳守备力量十分空虚。
于是，刘秀急忙率军从小长安聚北返，于五月二十四日，重新回到京师洛阳，由自己亲自坐镇京师指挥。
京师洛阳守卫终于安排妥帖，刘秀就任命征南大将军岑彭为主将，引领积弩将军侍中傅俊，骑都尉臧宫，大将刘宏等率大军三万余人，继续南下攻击变民首领楚黎王秦丰所驻守的黎丘城。
刘秀大军刚刚撤出南阳后不久，先前被冯异击败以后，从关中逃出，向南阳步步推进的延岑大军，就进入了南阳郡的辖境。延岑利用南阳郡守备空虚的机会，很快夺取了数个县城。南阳郡一时又成为了兵火绵延之地。
闻听延岑大军的行踪，正在南阳郡镇抚的建威大将军耿弇，急忙率领大军在穰城（河南邓县南）阻截。
延岑大军大败，他率领几位骑兵将领，引领着自己的残兵，逃到东阳（河南邓县南穰东镇）固守。他准备与楚黎王秦丰联合，一起对抗刘秀的讨伐大军。
为了缔结更深的联盟，楚黎王秦丰还把自己的女儿嫁给了延岑，大力笼络延岑。
刚被恢复职位不久的建义大将军朱祐，此时就率领征虏将军祭遵从淯阳（南阳县南绿杨村）南下，联合夹击在东阳固守的延岑，并再次大破延岑大军。
延岑再也无法支持，只好继续向南逃窜。他准备前去投奔楚黎王秦丰的基地黎丘（河北宜城县）城池。
建义大将军朱祐大军与征南大将军岑彭的大军胜利会师后，就继续南下追击敌军延岑。
当时，延岑的护军（军事总监）邓仲况，与自己的智囊—新朝国师刘歆的孙儿刘龚，占领着阴县（湖北光化县），对抗汉军。在前侍中扶风人苏竟的书信劝导下，他们都归降了刘秀，使延岑的势力更受打击。
楚黎王秦丰为了挽救延岑残军，就派自己的部队到邓县堵截征南大将军岑彭，掩护延岑的撤离。
七月，征南大将军岑彭率军再次大破秦丰部队，并乘胜包围秦丰的老巢黎丘。岑彭还另派积弩将军傅俊，率领自己的大军到江东夺取土地。
当时，郅恽也到了庐江，正与傅俊相遇。积弩将军傅俊一向敬佩郅恽，于是以礼相聘，举荐郅恽为自己的将兵长史，交给他处理军政要事的职责。
郅恽接受政事以后，立即率领诸将立誓：“我们是仁义之师，是替天行道，吊民伐罪之师。因此，我们发誓，不掩袭无辜百姓，不穷追走投无路者，不任意残害别人身体，不裸露死者形骸，不侮辱妇女。”
诸将立誓听令。
不想，攻克敌方城市后，傅俊手下的将士，依然掘坟陈尸，掠夺百姓。
郅恽竭力地劝阻傅俊，整饬军纪，纠正这些暴行，他劝说积弩将军傅俊：
“将军啊，所谓得人心者得天下，这并非只是一句口号或妄语，也并非自欺欺人之句。而是历朝兴盛衰亡的根本原因。
往昔，周文王不忍心暴露死者的骨骸，周武王不肯因为夺取天下，而枉杀一人性命，所以才得到天地与百姓的感应，才最终击败商纣王如森林一般稠密的军队。
将军为什么不能效法文王，武王，而要触犯天地的好生之德的禁令，大量伤害无辜，甚至虐及枯骨，得罪天地神明，天下百姓呢？
将军啊，如果阁下不能改变那些做法，必然惹得天下人怨恨。到时，恐怕将军你，也难以保全自己的性命。
希望将军你做好表率，收养伤者，抚恤百姓，埋葬死者，对被害的人表示哀悼，以表明那些不当做法，不是将军你的本意。如此，何愁百姓不附呢？”
傅俊深以为然，立时下令执行。百姓心悦诚服，由衷感激。
因此，傅俊大军所到之处，无不望风投降，扬州（江苏）全部归顺。
得知傅俊收复民心的举措，刘秀很是欣慰，马上下旨通令天下表彰傅俊的功绩。
自三月虎牙大将军盖延包围汉帝刘永据守的睢阳以来，直到如今的六月，已经一百多天过去了。
盖延大军，采取对睢阳围而不攻，困住敌人的谋略。城里的汉帝刘永与外界部众的交通都被汉军切断，他们困守孤城，渐渐不能支持。
因此，城里刘永的军马虽多，却无用武之地；而城内粮草将尽，就是饮水，也渐成问题；没有外援的支持，刘永束手无策，只能坐以待毙。
而盖延大军，却抢收城外田地里百姓的麦子，军粮十分充足，士气也十分高昂振奋。
久困孤城，刘永大军，是更加地饥饿疲惫，士气低落，防卫松懈。
六月的一天晚上，盖延带人悄悄地爬上睢阳城头，偷袭汉帝刘永。盖延最终大获全胜。
汉帝刘永见势不妙，眼见睢阳再也无法支持，他只好率领自己的大将苏茂，周建等突围而出。他准备逃往酂县（河南永城县）暂避。
见敌酋逃走，盖延急忙派军猛烈追击。
这时，逃亡中的汉帝刘永已经众叛亲离，大军突然崩溃。刘永的大将庆吾，见己军大势已去，就砍下刘永的人头，投降虎牙大将军盖延。
最后，只有苏茂，周建率领部分败军逃出。他们日夜不停，终于逃奔到了垂惠（安徽蒙城县），然后拥戴刘永的儿子刘纡当梁王。
垂惠的部队与逃到西防据守的刘永另一大将佼彊，遥相呼应，继续对抗刘秀大军。
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