突然，巨变在后方发生，改变了刘秀的进军计划。
正在前方为进攻隗嚣而与诸将费心筹划的刘秀，忽然接到了首都传来的紧急讯息：
京师洛阳附近的颍川郡等地盗贼蜂起，叛贼一连攻陷数县，形势危急；驻防河内郡的守军部队，也起兵哗变，首都洛阳震动。
一时，天下不宁。
听见报讯，刘秀焦急万分，急忙考虑回军。
刘秀急得跺脚道：“哎呀，朕真是大意！朕轻率冒进，亲涉边地，忘记了中原洛阳才是朕之根本。朕真后悔没有听从郭宪的建议！”
八月，刘秀心急火燎地带领禁卫军从上邽东返，马不停蹄地日夜奔驰。
途中，刘秀虽然很是着急，但对西州战事还是很有信心。他踌躇满志地向岑彭等下旨：
“诸位爱卿，西城，上邽，都在朕的大军的包围之中，隗嚣孤立无援，吾军胜利在握。
朕料想，西城，上邽两城，不必花费多大力气就可以攻克。如果两城攻破，诸君等就请立即率领大军南下，乘势攻击蜀虏公孙述。
人，总是苦于不知满足，朕得到陇地后，又渴望进一步得到蜀地。想起当初，每次决定发兵出击时，朕的头发胡须，都为之愁白！”
刘秀回到洛阳，立即心急如火地召集执金吾（首都警备区司令）寇恂等将领商讨征剿叛贼的事宜。
见到众臣，刘秀急忙焦急地检讨反省自己的过失道：
“诸位爱卿，朕一时失策，没有听从郭子横（郭宪字号）的建议。现在，朕心里是万分愧悔。
如今，颍川郡（河南禹县）等地，盗贼蜂起，令朕忧心如焚。颍川郡就在京师的门口，民变直接威胁了朕的帝都安宁，必须及时控制，立即扑灭。
朕思来想去，唯有寇子翼长期任职地方，了解民生疾苦。中央与地方的情形，也都了如指掌，有才能把这些盗贼消灭。
如今，朕只有委屈子翼，请你以列卿（部长级别）的身份，带兵出征，替朕分忧。只有这样，才能保证京师的安宁。不知卿等，有否异议？”
见皇上如此着急，寇恂急忙安慰：
“陛下啊，您大可不必如此焦急。如今，天下大定，百姓渴望安居乐业。即使真的有人想图谋不轨，也不会有多少暴徒依附跟随。
其实，陛下啊，这些所谓的贼人暴乱，不过是地方官吏们肆意妄为，贪赃枉法，处置不当以致激起民愤，引发的普通骚乱而已！
推想他们的举动，不过是听说陛下远征陇地，窥伺蜀地，他们也想乘机捞上一票，引起陛下的关照与注意，促成问题的解决而已，并没有更大的野心。
微臣以为，如今，他们一听说陛下率领大军还都，是一定会吓得发抖，会拼命祈求陛下的饶恕的。
既然陛下信任微臣，臣愿充当大军先锋，率军先行。颍川郡的问题，很容易解决！陛下千万不要忧心！”寇恂的安慰，终于让刘秀宽心了一些。
“爱卿分析得很有道理，朕心稍稍宽松了一些。
天下本无事，庸人自扰之。朕也明白，那些所谓的民变，大多数都是那些自作聪明的地方官吏，为了邀功求赏，大肆盘剥百姓而酿成。朕对此是深有同感，知道其中的根本原因。
虽然如此，但朕也不能掉以轻心啊！朕还是决定御驾亲征，一劳永逸地解决这些问题。”
九月一日，刘秀大军，直抵颍川郡。果然如寇恂所预料的那样，变民很快全部归降。
刘秀准备立即班师回朝。郡民们在道路上遮住刘秀的卫队，请求把寇恂留下做太守：
“陛下，并不是小民等天生反骨，故意惊动陛下的车驾远行。而是地方贪官污吏，不能体会陛下体恤百姓的本意，肆意掠夺，使民不聊生，才酿成动乱的生成。
寇太守前些时在颍川时，推广陛下以柔治国的善政，所以深得黎民百姓的爱戴。为了颍川郡的安定，请陛下再把寇太守借给我们一年，我辈感激不尽！”大批百姓跪在地上，满眼流泪，长跪不起，再三祈求。
刘秀急忙征询寇恂的意见。寇恂表示同意。
于是，刘秀就把寇恂留在长社（河南长葛县），命令他安抚人民，镇压反侧，收容陆续归降的残余变民。
得知寇恂主持颍川郡郡政，流散的百姓，都纷纷返回自己的故里。
其时，东郡（河南濮阳县），济阴（山东定陶县）也爆发了民变。刘秀又派大司空（最高监察长）李通，忠汉将军王常，率军前去平定。
那时，刘秀已经妥善地处置了颍川民变。所以，刘秀很明白这里的民变，也是处于同样的原因。
刘秀了解，东光侯耿纯，曾经担任过东郡太守，在卫国故地上留下了美好的恩德和信誉。
于是，刘秀立即任命耿纯为太中大夫，命令他与大军会合后待命。
东郡变民九千余人，听说耿纯随着皇帝大军进入郡界，就纷纷向耿纯归顺。
大司空（最高监察长）李通，忠汉将军王常的大军，没有经过一次战斗，就安定了郡民，即行班师。刘秀庚即任命耿纯为东郡太守，抚慰东郡官民。
九月二十四日，数地的民变，经过刘秀的恰当处置，顺利解决。
刘秀特地诏令地方官吏要体恤民众疾苦，妥善处置官民关系。
然后，刘秀从颍川还抵首都洛阳。
西州战局，并没有如同刘秀当初乐观料想的那样，轻而易举地就取得胜利，而是呈现出了胶着持久的态势。
从四月份刘秀亲征，一直到十一月中旬，经过半年多的时间，隗嚣依然顽强抗击着汉军的猛烈攻击。
那时，汉军长久围困朔宁王所在地西城，隗嚣的西城守将杨广战死，隗嚣更加穷途末路。但他依然决心顽抗到底。
隗嚣的另一位大将王捷，据守戎丘（西城西北）。他见汉军努力进攻，城池早晚必将陷落。王捷决心牺牲自己，换取汉军的撤离。
于是，他在城墙上向围城军大声呼喊：
“汉军将士，我们蒙受大王的恩惠，决心殊死守卫此城。虽然自知道非死不可，但官兵们个个都绝对没有二心。盼望你们能够解围撤退，不要屠戮城中的老弱妇女，我用自杀来加以证明！”当即在城墙上自刎而死。
汉军震撼，攻势稍稍减轻。
最初，刘秀下旨给大司马吴汉：“爱卿啊，现在两城已在我们的铁壁之中，旦夕就可攻取。而各郡派来的地方部队，战斗力不强，却白白消耗军中紧缺的粮秣供应。一旦战事不利，郡兵发生逃亡，就会动摇我们的军心。
所以，朕以为，大司马应该考虑在适当的时候，打发他们回去！”
可是，大司马吴汉正在努力地围攻西城。他想一鼓作气，集中优势兵力，迅速拿下西城，不愿减少自己的进攻兵力。
于是，他对抗刘秀的圣旨，不放郡兵们回去。
汉军大军的粮秣，经受不住每天庞大的消耗，积存日渐减少。而官兵们长久征战，一个个疲惫不堪，厌倦不已。郡兵们常年在外，思乡的情绪在军中弥漫，而吴汉却刚愎自用，置若罔闻。
因此，逃亡的郡兵日渐增多，汉军军心开始不稳，而吴汉依然督军攻击隗嚣甚急。
其时，隗嚣自知没有退路，官兵们上下一心，拼死守城，欲为隗王献身。
征南大将军岑彭决定改变战争策略，改用水攻，企图淹没西城，然后破敌。
于是，征南大将军岑彭就派军阻断山谷溪水，借着上涨的水势，以图水淹西城。那时，大水围城，距离城墙顶部，只有一丈光景，城内情势十分危急。汉军已经在准备欢庆最后的胜利，军心更加懈怠。
在这千钧一发的危急时刻，朔宁王隗嚣的大将王元，行巡，周宗等，率领从公孙述借来的五千救兵和其他援军，突然出其不意地在汉军背后的城外高处出现。
援军紧急擂动自己的战鼓，大声呼喊报信：“大王，请率领我们的大军顶住！公孙皇帝的百万大军正在挺进，马上就会来临！”
听见隗军的援军在自己的背后大声呼喊，汉军顿时惊恐不定。他们急行集结布阵。然而，惊惶之中，集结一时无法完成。
而此时，王元等，已经率领精锐之师对汉军发动了攻击。援军锐不可当，竟然杀开一条血路，进入西城。
汉军受挫，军心更加动摇。王元等，与城中守军会合后，再次杀开一条血路，护送隗嚣冲出西城。然后，在大军严密保护下，隗嚣投奔冀县（甘肃甘谷县）。
吴汉等将领率领的大军的粮秣即将消耗殆尽，而汉军又遭受重大的挫折，且又闻听公孙述的成家援军，很快就将抵达，汉军军心摇摇欲坠。大司马吴汉等汉军将领知道无法再留。
于是，大司马吴汉就烧掉自己的辎重装备，顺着陇山，向东撤离。虎牙大将军盖延，建威大将军耿弇等围困上邽的大军不能独留，也跟着向东撤离。
见汉军受挫撤离，隗嚣及公孙述联军，士气大振。他们紧紧地尾追攻击。汉军征南大将军岑彭率军殿后，艰苦抵御，才保证了大军的安全撤离。
自此，除征虏将军祭遵仍然坚守在汧县以外，汉军各部都全部失利。吴汉等重新回到长安驻屯，岑彭回到津乡（湖北江陵），做南征公孙述的准备。
汉军撤离后，安定郡，北地郡，天水郡，陇西郡等四郡全部都驱逐汉朝廷的官员，再次回归隗嚣的阵营。
西征军大军失利的消息迅速传到京师洛阳，刘秀彻夜不眠，自责悔恨的情绪萦绕在他的心里。
刘秀不停地反省自己：为什么这次对隗嚣的进攻，还是没有取得胜利呢？最根本的原因，还是在于自己在即将取胜时，犯下了不可饶恕的轻敌的错误啊！
其次，是由于自己并没有充分地估计到陇右地势险要，交通不便，辎重粮秣不便于运输，准备不充分，致使军粮不济。
更致命的错误还在于，自己没有清醒地认识到隗嚣残存大军的强大的战斗力。
就是在最困难的时候，隗嚣的官兵都没有完全涣散。最终结果，由于公孙述的援军来临，就造成了汉军的被动和重大的失利。
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