值得一提的是，汉、蜀两军交战历时之长，战况之惨烈，双方伤亡之巨大，这些都是汉军主将大司马吴汉军事生涯中所未曾遭遇过的；汉军还为此牺牲了两名著名的大将：来歙与岑彭。
因此，蜀地人民尤其是成都军民的顽强抵抗，令吴汉心中积郁了极大的仇恨。所以他一旦得势，便开始了疯狂的不顾一切的报复。何况，吴汉本身就潜藏有野兽般的残忍性格。因而，最终酿成了对成都无辜平民的大屠杀的惨剧。
吴汉率军进入成都城，不仅立即诛杀了公孙述的全家，而且更将公孙述的家族灭族，甚至还连带着使归顺的延岑一族也遭灭门。所谓“杀降不吉”，在吴汉残忍的心里，根本就没有什么意识。
吴汉大肆放纵士卒在成都城内外掳掠，焚烧宫室，摧残无辜百姓。吴汉的暴行致使成都城内血流成河，西蜀地区遭受了空前的战争浩劫，广大无辜百姓几近被杀掠一空。
这一片土地都被鲜血浸透，叫人为之哀叹，痛惜！
建武十三（公元年）年正月，吴汉振旅浮江而下，带领汉军主力撤离了蜀地。
刘秀虽然痛恨大司马吴汉的暴虐无道，但却又不得不奖赏他为平蜀所立下的赫赫功勋。
后来，当吴汉率军攻打宛县，经过他自己的家乡时，刘秀还亲自下诏准许吴汉回家祭祖，并且还赏赐了他谷米二万斛，给予他无限的恩宠和荣誉。
虽然吴汉屡有忤逆自己的命令，但是他对于刘秀的一片忠心，刘秀还是看在眼里的。
吴汉性格倔强，生性残暴。但他每每跟从刘秀征伐，非常善于揣摩刘秀的心意。只要刘秀心有不安，吴汉便都会一直侍立在他的身旁，直到刘秀安下心来，所以，吴汉一直深得刘秀的欢心和赏识。
刘秀知道，自己虽然身居帝位，但还是同常人一样，需要属下们的马屁与恭维，以满足自己的虚荣心，显示自己的非同凡品。
每次当诸将见到战阵有所不利时，大家大多惶惧失措，不知如何应对；而惟独大司马吴汉却意气自若，一边忙着修整战备，一边忙着激励将士们。
刘秀经常派人暗中查看大司马吴汉在忙些什么。使者们便总是回报说，大司马吴汉在修整战备。
因而，刘秀常常不得不感叹道：“朕的这个大司马（吴汉）虽然差强人意，但是仍不失为一难得的干城之器（隐若一敌国矣）！”
而且，吴汉一向干事勤勉。每当出师，吴汉总是朝受诏，夕即引道上路，根本就没有时间，也没有机会，考虑与料理自己的家事。他也从不拖延出军的时间，这令刘秀相当满意吴汉的兵贵神速的性格。
所以，这个吴汉虽然暴虐成性，却一直能够获得刘秀的恩宠，掌控军权，久居大司马之位。
当吴汉在朝的时候，他的行事就又显得敦厚和憨实，大智若愚，更是令刘秀放心。
当他出征在外的时候，他的妻子儿女们如果大肆购买田业，吴汉回家之后就总是会责备他们：“大军征战在外，将士们得到的赏赐还经常不足。你们为什么还要购买，霸占那么多的田宅地产呢？这不是要彰显我吴汉的私心吗？”
于是，吴汉便将这些田业尽数分与昆弟外家。
因此，大家都无不赞赏吴汉的为人。当然啰，这些赞誉，就会更加增强刘秀对他的宠信亲近。
刘秀为了安定西蜀民心，下诏追赠不与成家朝廷合作的常少为“太常”，张隆为“光禄勋”；征召费贻，任永，冯信，以及成家帝国的将领程乌，李育等到汉朝廷任职；用中牢（猪羊各一）的礼仪祭祀去世的谯玄，李业，王皓，王嘉等，用以笼络西蜀吏民人心，消除一些因为吴汉屠城给西蜀黎民百姓带来的伤害。
最初，公孙述征召广汉（四川遂宁）人李业当博士。李业以有病在身为由，加以拒绝，不肯接受公孙述的任命。
公孙述勃然大怒，认为李业不给面子，羞辱了自己。
于是，公孙述命令自己的大鸿胪尹融，拿着自己的诏书，前往强迫威胁：“先生，您如果就职，朕就封你为公爵或是侯爵；如果您不就职，就只有死路一条。朕将赐你毒酒一杯。”希望迫使李业就范。
于是，大鸿胪尹融接旨奉命前往开导李业：“先生啊，现在，天下分崩离析，哪一个是王？哪一个是贼？哪一个为是？哪一个是非呢？谁又愿意全身心地投入，去试探龙潭虎穴呢？为今之计，我们只有放弃自己的原则，苟延残喘，得过且过而已。
如今，朝廷敬慕先生的名望品德，才能学识，所以特别为你留下官位，已经达到七年之久；四季的特别产品，都按时为你送上。
皇上也没有忘掉先生，可说是为先生做到了仁至义尽。先生应该上念知己，下念子孙。如此，则身家性命，都能保全。这岂不是名利双收吗？先生何苦拘泥于那些迂腐的道德准则呢？”
李业叹气说道：“在下就是为了保全自己性命，免得家族覆灭，才如此行事啊！古人云：‘危险的国家，不要进去；混乱的地方，不要居住。’就是讲的这个道理啊！但君子遇到危险，也绝不爱惜自己的生命。先生你何必用高官厚禄来引诱我放弃自己的原则呢？”
尹融继续劝导：“先生啊，你何不把我的建议，与家人商议商议，征求一下他们的意见，如何呢？那时，先生你再做出决定，也不为迟！”
李业叹道：“大丈夫做事，自有行事的原则。我为什么要为妻子儿女的观点，改变自己的志向呢？”遂饮下毒酒而死。
公孙述越加愤怒，但又不愿意留下逼死贤才的恶名。
于是，他特别地派遣使节前往吊丧，赠送李业家属绸缎一百匹。李业的儿子坚决推辞，不肯接受。
公孙述越加愤怒得无法自制，恨不得立即诛灭李业的家族。
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